Na altura da sua construção, o Açude-Ponte de Coimbra tornou-se o primeiro obstáculo à livre circulação dos peixes migradores do rio Mondego, pois localiza-se apenas a cerca de 45 km da sua foz.

 

Os impactes que a implementação do Açude-Ponte de Coimbra teria sobre a migração da fauna piscícola foram considerados aquando da sua construção, já que foi instalada uma passagem para peixes do tipo de bacias sucessivas na margem esquerda. Infelizmente a antiga passagem para peixes revelou-se ineficaz.

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Principais causas para a ineficácia da antiga passagem para peixes:

 

• Os peixes tinham dificuldade em encontrar a entrada;

• Na entrada existia um degrau que dificultava a subida dos peixes;

• Na passagem, o tamanho das bacias não estava adaptado às espécies existentes no rio Mondego;

• O desnível entre bacias era muito elevado, o que dificultava a circulação dos peixes;

• A velocidade da água no interior da passagem era muito elevada.​