A comunidade de peixes nativos do rio Mondego e seus afluentes apresenta uma diversidade notável e algumas destas espécies possuem um elevado valor conservacionista e económico.

Das espécies que ocorrem nesta bacia e que frequentam o troço de água doce do rio Mondego, destacam-se o sável, a savelha, a enguia-europeia, a lampreia-marinha, a lampreia-de-riacho, a solha-das-pedras, o muge, a boga-comum, o ruivaco, o barbo-comum, o escalo do norte e a truta-de-rio.